تعاقب علي رئاسة تحرير مجلة مدارس الأحد تسع شخصيات لرئاسة التحرير بين رئيس تحرير رسمي ورئيس تحرير فعلي والذي جمع بين الأمرين أو شغل أحدهما وهم ممن كتبوا في المجلة وشاهدوا سياستها بل وسعوا في تحقيق أهدافها، وهم على الترتيب التاريخي الآتي:

• الأستاذ مسعد صادق لبيب (1916- 2000م) رئيس التحرير الرسمي (إبريل 1947- يناير 1953)

• الأستاذ إدوارد بنيامين (1913- 1966م) رئيس التحرير الفعلي (إبريل 1947- أكتوبر 1949م).

• الأستاذ نظير جيد روفائيل (لاحقًا قداسة البابا شنودة الثالث) (1923- 2012م) رئيس التحرير الفعلي (نوفمبر 1949- يناير 1953) رئيس التحرير الرسمي (مارس 1953- يوليو 1954م)

• الدكتور وليم سليمان قلادة (1924- 1999م) رئيس التحرير الرسمي (يوليو 1954- مارس 1959م)

• الدكتور ميخائيل عياد (1915- 1989م) رئيس التحرير الرسمي (إبريل 1959 – يوليو 1979م)

• الدكتور سليمان نسيم (1923- 1998م) رئيس التحرير الفعلي (يناير 1973- يونيو 1998م)

• الأستاذ مختار فايق بشاي (1917- 2010م) رئيس التحرير الرسمي والفعلي (أكتوبر 1976- يوليو 2006م).

• الدكتور عادل شكري صادق (1954- 2024م) رئيس التحرير الفعلي (يوليو 1998 – ) والرسمي والفعلي (أغسطس 2006- أغسطس 2020م) ثم الرسمي فقط (2022- 2024م).

• الدكتور سينوت دلوار شنودة. نائب رئيس التحرير (2022- أغسطس 2024م)، رئيس التحرير (2024 – حتى الآن).